Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές πρέπει να υποβάλλουν ατομική μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία τουλάχιστον 15.000 λέξεων (εξαιρουμένων των παραρτημάτων), σύμφωνα με τις οδηγίες που εκδίδονται από τη Διευθύνουσα Επιτροπή του Προγράμματος (Program Steering Committee).

Η Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία θα συντάσσεται και θα αξιολογείται στα Αγγλικά.

Η συγγραφή της Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας θα πραγματοποιηθεί στο δεύτερο εξάμηνο του Προγράμματος. Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές υποβάλλουν προς έγκριση από την Εξεταστική Επιτροπή των Μεταπτυχιακών εργασιών (ΕΕΜε) έναν τίτλο και μια λεπτομερή ερευνητική πρόταση εντός της προθεσμίας και στη μορφή που καθορίζεται στον Οδηγό Σπουδών (Εγχειρίδιο της/του Φοιτήτριας/ή).

Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές χρειάζονται την έγκριση από την Εξεταστική Επιτροπή των Μεταπτυχιακών εργασιών (ΕΕΜε) για οποιαδήποτε ουσιαστική τροποποίηση στον τίτλο ή το περιεχόμενο της μελέτης.

Οι μελέτες θα περιλαμβάνουν δήλωση υπογεγραμμένη από τους μεταπτυχιακούς φοιτητές ότι είναι δική τους πρωτότυπη εργασία.

Πριν από την αποφοίτησή τους, οι μεταπτυχιακοί φοιτητές υποβάλλουν ψηφιακό αντίγραφο της μελέτης στην ΕΕΜε, το οποίο θα περιλαμβάνει υπογεγραμμένη δήλωση γνησιότητας. Η ηλεκτρονική έκδοση πρέπει να συμμορφώνεται με τα πρότυπα που έχουν δημιουργηθεί από καθένα από τα Ιδρύματα Εταίρους.

Η ΕΕΜε θα ορίσει έναν επιβλέποντα για κάθε φοιτήτρια/ή. Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές θα πρέπει να έχουν τακτική επαφή με την/τον επιβλέποντά τους.

Οι επιβλέποντες θα υποβάλλουν στην ΕΕΜε εκθέσεις προόδου για τη Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία κάθε φοιτήτρια/ή υπό την επίβλεψή τους. Τέτοιες εκθέσεις μπορεί να περιλαμβάνουν σύσταση είτε (α) να παραταθεί η περίοδος σπουδών προκειμένου να μπορέσει η/ο φοιτήτρια/ής να ολοκληρώσει τη διατριβή του μεταπτυχιακού τίτλου ή (β) να περατώσει πρόωρα τις σπουδές εάν ο επιβλέπων κρίνει ότι αυτό είναι σωστό ανάλογα με τις περιστάσεις, υπό τον όρο ότι:

Η παράταση της περιόδου σπουδών που αναφέρεται στο (α) θα είναι σύμφωνη με τις διατάξεις που περιγράφονται σχετικά με τη διάρκεια του μαθήματος, και η ΕΕΜε δεν μπορεί να περατώσει πρόωρα τις σπουδές σύμφωνα με το (β) έως ότου δώσει πρώτα στην/στον φοιτήτρια/ή την ευκαιρία να μιλήσει σχετικά με το θέμα.

Ο ρόλος του επιβλέποντα παύει όταν η Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία υποβάλλεται για εξέταση, αλλά μπορεί να ισχύσει ξανά μετά συμβουλής της ΕΕΜε, προκειμένου να δοθεί καθοδήγηση στους φοιτητές των οποίων η διατριβή παραπέμπεται για σημαντική διόρθωση εν αναμονή της τελικής της αποδοχής.

Κάθε Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία θα εξετάζεται από την ΕΕΜε, που αποτελείται από τουλάχιστον δύο μέλη, ένα εκ των οποίων κανονικά είναι εξεταστής από ένα από τα Ιδρύματα Εταίρους που βρίσκεται εκεί που εκπονείται η μελέτη. Η/Ο επιβλέπουσα/ων δεν μπορεί να είναι ένας από τους εξεταστές. Η ΕΕΜε μπορεί επιπλέον να περιλαμβάνει έναν εξωτερικό εξεταστή που διορίζεται από ίδρυμα εκτός των Ιδρυμάτων Εταίρων. Η υποστήριξη της διπλωματικής εργασίας του μεταπτυχιακού διπλώματος θα είναι μια δημόσια εκδήλωση σύμφωνα με τους κανονισμούς των πανεπιστημιακών εταίρων.

Στους μεταπτυχιακούς φοιτητές των οποίων η Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία κρίνεται μη ικανοποιητική μπορεί να επιτραπεί από τη Συντονιστική Επιτροπή του Προγράμματος (ΣΕΠ), κατόπιν εισήγησης της ΕΕΜε, να την υποβάλλουν εκ νέου σε αναθεωρημένη μορφή, πριν από την έναρξη του νέου ακαδημαϊκού έτους.

Η ΕΕΜε MorphoPHEN αναμένει υψηλά ηθικά πρότυπα στη διαδικασία διεξαγωγής της έρευνας. Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές εγγυώνται στο Διοικητικό Συμβούλιο ότι γνωρίζουν τα ηθικά ζητήματα στα οποία βασίζεται η προτεινόμενη μελέτη τους.

Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές πρέπει να έχουν επίγνωση των σχετικών ζητημάτων και προτύπων ηθικής έρευνας/προστασίας δεδομένων, συμπεριλαμβανομένων τυχόν εντύπων που πρέπει να συμπληρωθούν και να εγκριθούν από τα αρμόδια συμβούλια, καθώς και τις προθεσμίες που πρέπει να τηρηθούν. Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι αυτή η άδεια πρέπει να ληφθεί πριν ξεκινήσει η συλλογή δεδομένων.

Τα πανεπιστήμια μπορούν να απορρίψουν αιτήσεις υποψηφίων που έχουν ήδη ξεκινήσει την έρευνά τους.